कलकत्त्याच्या शासकीय संस्कृत विद्यालयातून १९२२ मध्ये मानाची ‘तर्कतीर्थ’ पदवी संपादन करून जेव्हा शास्त्रीजी वाईत परतले, तेव्हा त्यांचे वय अवघे एकवीस वर्षांचे होते. प्राज्ञपाठशाळेतील विद्यार्थी म्हणून सुरू झालेला त्यांचा प्रवास आता शिक्षक आणि उदयोन्मुख विचारवंत म्हणून एका नव्या टप्प्यात प्रवेश करत होता. गुरु स्वामी केवलानंद सरस्वती यांच्या मार्गदर्शनाखाली त्यांनी अध्यापनाची जबाबदारी स्वीकारली; पण त्यांचा अभ्यास थांबला नाही. उलट त्याला अधिक व्यापक दिशा मिळाली. संस्कृत वाङ्मयाबरोबरच त्यांनी पाश्चात्त्य तत्त्वज्ञान, समाजशास्त्र आणि जॉन स्ट्युअर्ट मिल, हर्बर्ट स्पेन्सर यांसारख्या आधुनिक विचारवंतांच्या लेखनाचा चिकित्सक अभ्यास सुरू ठेवला.

या सातत्यपूर्ण अभ्यासातून त्यांच्या विचारांना स्वतंत्र दिशा मिळू लागली. धर्माकडे पाहण्याची त्यांची दृष्टी पारंपरिक नव्हती. त्यांच्या मते धर्म म्हणजे काही अपरिवर्तनीय नियमांचा संच नव्हे, तर समाजाला नैतिक दिशा देणारी आणि काळानुसार विकसित होत राहणारी जीवनव्यवस्था होय. समाज बदलतो, त्याच्या गरजा बदलतात, जीवनमूल्ये बदलतात; मग धर्मातील आचार-विचार आणि सामाजिक संकेतही त्या बदलांशी सुसंगत झाले पाहिजेत. अन्यथा धर्म समाजाला दिशा देण्याऐवजी त्याच्या प्रगतीत अडथळा ठरेल.

शास्त्रीजी धर्माचा गाभा कर्मकांडात नव्हे, तर मानवकल्याणात पाहत. समाजहितासाठी निर्माण झालेली एखादी प्रथा पुढे समाजालाच हानिकारक ठरत असेल, तर तिचा त्याग करणे हेच धर्माचे खरे पालन आहे, असे ते मानत. म्हणूनच धर्मग्रंथांचा शब्दशः अर्थ न लावता त्यांचा ऐतिहासिक आणि विवेकनिष्ठ दृष्टीने अभ्यास केला पाहिजे, हा त्यांचा आग्रह होता. परंपरेचा आदर त्यांनी कधी नाकारला नाही; परंतु परंपरेपेक्षा सत्य, न्याय आणि मानवी कल्याण यांना अधिक महत्त्व दिले पाहिजे, ही त्यांची स्पष्ट भूमिका होती.

याच भूमिकेतून त्यांनी सामाजिक सुधारणांचाही पुरस्कार केला. जन्मावर आधारित उच्च-नीचता, अस्पृश्यता, बालविवाह, स्त्रियांवरील अन्याय, वर्णभेद, रोटी-बेटी व्यवहारावरील निर्बंध किंवा पोटजातींची कृत्रिम विभागणी या गोष्टी धर्माच्या नावावर टिकवून धरणे त्यांना मान्य नव्हते. त्यांच्या दृष्टीने या समाजातील रूढी होत्या; धर्माची शाश्वत तत्वे  नव्हती. त्यामुळे अशा प्रथांमध्ये बदल करणे म्हणजे धर्माला विरोध करणे नव्हे, तर त्याला अधिक लोकाभिमुख बनविणे होय.

त्या काळात महाराष्ट्रात आणि देशभर सनातनी आणि सुधारणावादी यांच्यात धार्मिक आणि सामाजिक प्रश्नांवर वैचारिक संघर्ष सुरू होता. वाईच्या प्राज्ञपाठशाळेत स्वामी केवलानंद सरस्वती यांच्या नेतृत्वाखाली या प्रश्नांचा अभ्यासपूर्वक विचार केला जात असे. धर्मशास्त्रांचा नव्या संदर्भात अर्थ लावणे, सामाजिक सुधारणांना शास्त्रीय आधार शोधणे आणि परंपरेचे चिकित्सक परीक्षण करणे या विषयांवर तेथे सातत्याने चर्चा होत असत. या मुक्त वैचारिक वातावरणात तर्कतीर्थांची विचारशक्ती अधिक परिपक्व झाली आणि त्यांच्या पुढील सार्वजनिक जीवनाचा भक्कम पाया घातला गेला.

या वैचारिक संघर्षातील एक  महत्त्वाचा टप्पा म्हणजे १९२३ मध्ये धुळे जिल्ह्यातील सोनगीर येथे भरलेली ऐतिहासिक 'धर्मसभा' होय. या सभेत सनातन्यांची बाजू मांडण्यासाठी कुकुरमुंड्याचे संतोजी महाराज, सोनगीरचे केशवदत्त महाराज आणि मद्रासचे महापंडित म. म. अनंतकृष्ण शास्त्री अशी दिग्गज मंडळी उपस्थित होती. तर सुधारणावादी पक्षाकडून स्वामी केवलानंद सरस्वती, महादेवशास्त्री दिवेकर, भिडे शास्त्री आणि स्वतः तरुण तर्कतीर्थ लक्ष्मणशास्त्री जोशी उभे ठाकले होते.

स्वामी केवलानंद हे स्वभावाने मितभाषी आणि प्रसिद्धीपराङ्मुख होते. त्यामुळे त्यांनी सनातनी पंडितांशी विवाद करण्यासाठी आणि सुधारणावाद्यांची बाजू मांडण्यासाठी तरुण लक्ष्मणशास्त्रींना पुढे केले. स्वामीजींनी विचारले, 

"लक्ष्मण, तू पूर्वपक्ष मांडतोस का?" 

आणि शास्त्रीजींनी लगेचच हे आव्हान स्वीकारले. त्यांनी धर्मग्रंथांचे आणि स्मृतींचे सखोल दाखले देत सुधारणावादी संकल्पनांना शास्त्राचा कसा आधार आहे, हे सिद्ध करण्यास सुरुवात केली. शास्त्रीजींनी प्रतिपादन केले की, जर धर्मग्रंथांचा डोळसपणे आणि ऐतिहासिक दृष्टीने अभ्यास केला, तर काळाच्या ओघात धर्म पालटत गेल्याचे स्पष्ट दिसते; त्यामुळे मानवी कल्याणासाठी त्यात बदल करणे हा अधर्म नाही.

यावर सनातनी पंडित अनंतकृष्ण शास्त्री यांनी संतापून आक्षेप घेतला आणि शंकराचार्यांच्या भाष्याचा संदर्भ देत वाद घालण्याचा प्रयत्न केला. परंतु शास्त्रीजींनी शांतपणे उत्तर दिले, 

"शंकराचार्य हे देखील शेवटी एक माणूसच होते, त्यांच्या विधानांचा कालसुसंगत अर्थ लावला पाहिजे." 

हे ऐकून अनंतकृष्ण शास्त्री संतापले आणि त्यांनी हा शंकराचार्यांचा अपमान आहे असे सांगून सभा सोडून जाण्याचा इशारा दिला. ही बैठक सलग तीन दिवस आणि दररोज तब्बल अठरा तास चालली. चिंतामणराव वैद्य यांच्यासारख्या विद्वानांनी देखील शास्त्रीजींचे वादकौशल्य पाहून कौतुकोद्गार काढले.

सोनगीरच्या या वादसभेतून कोणताही अंतिम तोडगा निघाला नसला, तरी तरुण तर्कतीर्थांच्या अद्वितीय पांडित्याचा आणि वक्तृत्वाचा दरारा संपूर्ण महाराष्ट्रात निर्माण झाला. पुढे १९२८ मध्ये वाराणसी येथे झालेल्या 'अखिल भारतीय ब्राह्मण महासंमेलनात' देखील शास्त्रीजींनी असाच प्रखर युक्तिवाद करून सनातनी पंडितांना निरुत्तर केले.

शास्त्रीजी प्रतिस्पर्ध्याचा अपमान करत नसत. प्रथम पूर्वपक्ष  प्रामाणिकपणे मांडत, मग त्याचे शास्त्रीय खंडन करत. त्यामुळे विरोधकांनाही त्यांच्या पांडित्याचा आदर वाटत असे.

शास्त्रीजींचा केवळ धार्मिक सिद्धांतांवर नव्हे, तर सामाजिक समतेवर दृढ विश्वास होता. जन्मावर आधारित जातिव्यवस्था हा देशाच्या प्रगतीतील सर्वात मोठा अडथळा आहे, अशी त्यांची पक्की खात्री पटली होती. १९२९ मध्ये जेव्हा पंडित मदनमोहन मालवीय यांनी अलाहाबाद येथे एक 'सनातनधर्म परिषद' भरवली, तेव्हा शास्त्रीजी तेथे उपस्थित होते. याच परिषदेच्या दरम्यान शास्त्रीजींची आधुनिक भारताचे शिल्पकार डॉ. बाबासाहेब आंबेडकर यांच्याशी पहिली भेट झाली.

अस्पृश्यांना वेदांचे आणि श्रुतींचे पठण करण्याचा अधिकार आहे की नाही, या विषयावर त्या परिषदेत गंभीर वाद सुरू होते. मालवीयजींनी या वादावर तोडगा काढण्यासाठी तर्कतीर्थांना त्यांचे मत विचारले. शास्त्रीजींनी सांगितले की, ‘शास्त्रांनुसार प्रत्येक मानवाला परमेश्वराची भक्ती करण्याचा आणि वेदपठणाचा समान अधिकार आहे, त्यामुळे अस्पृश्यांवर अशी बंधने घालणे पूर्णपणे अयोग्य आहे.’

बाबासाहेबांना शास्त्रीजींच्या या विद्वान आणि निर्भीड भूमिकेचे प्रचंड कौतुक वाटले. या भेटीनंतर बाबासाहेबांच्या मनात शास्त्रीजींविषयी  आदराचे स्थान निर्माण झाले. पुढे जेव्हा बाबासाहेबांनी हिंदू धर्मातील विषमतेचे प्रतीक असणाऱ्या 'मनुस्मृतीचे' दहन केले, तेव्हा अनेक सनातनी पंडितांनी त्यांच्यावर टीका केली. परंतु शास्त्रीजींनी बाबासाहेबांच्या या कृतीचे समर्थन केले. त्यांनी स्पष्ट केले की, 

"एखादे पुस्तक जाळल्याने त्यातील विचार जळत नाहीत हे बाबासाहेबांनाही ठाऊक आहे, परंतु सामाजिक विषमतेला आणि शोषणाला खतपाणी घालणाऱ्या ग्रंथाविरुद्ध पुकारलेला हा एक प्रतीकात्मक लढा आहे.".

१९२२ ते १९३० हा काळ शास्त्रीजींच्या वैचारिक व्यक्तिमत्त्वाच्या  जडणघडणीचा होता. या काळात त्यांनी संस्कृत पांडित्यापलीकडे जाऊन स्वतःला स्वतंत्र विचारवंत म्हणून घडवले. धर्मग्रंथांचा चिकित्सक अभ्यास, सामाजिक प्रश्नांवरील स्पष्ट भूमिका आणि सनातनी विद्वानांशी निर्भयपणे वादविवाद करण्याची तयारी यांमुळे महाराष्ट्रात त्यांचे नाव प्रसिद्ध झाले. पुढे राष्ट्रीय चळवळ, गांधीजी, रॉय आणि विविध सामाजिक प्रश्नांवरील त्यांच्या कार्याचा पाया याच काळात घातला गेला.