फेब्रुवारी १९१४ मध्ये लक्ष्मण वाई येथील प्राज्ञपाठशाळेत दाखल झाला. वाई येथील प्राज्ञपाठशाळा ही केवळ पारंपरिक संस्कृत पाठशाळा नव्हती. विसाव्या शतकाच्या प्रारंभी महाराष्ट्रात उदयाला आलेल्या नव्या वैचारिक प्रवाहांचे ती एक महत्त्वाचे केंद्र होती. १९०१ मध्ये नारायणशास्त्री मराठे यांनी कृष्णा नदीच्या तीरावर या संस्थेची स्थापना केली. नारायणशास्त्री मराठे हे स्वामी केवलानंद सरस्वती या नावाने ओळखले जात. गुरुकुल पद्धतीवर चालणाऱ्या या निवासी संस्थेत एका वेळी सुमारे पन्नास-साठ विद्यार्थी अध्ययन करत असत. काही विद्यार्थी निव्वळ विद्येच्या ओढीने येत, तर काही घरच्या प्रतिकूल परिस्थितीमुळे शिक्षणाबरोबरच राहण्याची आणि चरितार्थाची सोय व्हावी या हेतूने येथे प्रवेश घेत.

प्राज्ञपाठशाळेचे वैशिष्ट्य म्हणजे परंपरा आणि आधुनिकता यांचा  सुंदर समन्वय! येथे वेद, उपनिषदे, न्याय, मीमांसा, व्याकरण यांसारख्या पारंपरिक शास्त्रांबरोबरच इतिहास, भूगोल, गणित, अर्थशास्त्र आणि भौतिकशास्त्र यांसारख्या आधुनिक विषयांचाही अभ्यास केला जाई. गुरु केवलानंद म्हणत, 

"जे जे नवीन आणि वैज्ञानिक ज्ञान उपलब्ध होईल, त्याचा डोळसपणे स्वीकार केला पाहिजे. परंपरा आणि पूर्वग्रहांनी विचारशक्तीवर बंधने येता कामा नयेत."

म्हणूनच या पाठशाळेत भारतीय परंपरेचा अभिमान आणि आधुनिक विचारांची मोकळीक यांचा संगम घडला होता. या दृष्टीने ही पाठशाळा रवींद्रनाथ टागोरांच्या शांतिनिकेतनशी मिळतीजुळती होती. येथील शिक्षणपद्धतीही वैशिष्ट्यपूर्ण होती. पाठांतरापेक्षा आकलन, तर्कशक्ती आणि स्वतंत्र विचार यांना अधिक महत्त्व दिले जाई. प्रत्येक विषयावर सखोल चर्चा घडवून आणली जाई. विद्यार्थी एखादा विषय स्वतः समजून दुसऱ्याला सोप्या भाषेत समजावून सांगू लागे, तेव्हाच त्याचा अभ्यास पूर्ण झाला असे मानले जाई. त्यामुळे येथे केवळ विद्वान नव्हे, तर स्वतंत्रपणे विचार करणारी माणसे घडत होती.

विद्यार्थ्यांची दिनचर्या   शिस्तबद्ध होती. पहाटे उठून कृष्णेत स्नान, नित्यकर्म, परिसराची स्वच्छता, नियमित अध्ययन आणि दुपारी माधुकरी मागून भोजन अशी त्यांची दिनचर्या असे. गुरु केवलानंद स्वतःही माधुकरीवरच निर्वाह करत असल्यामुळे विद्यार्थ्यांच्या मनात भिक्षेबद्दल न्यूनगंड न राहता, ते विद्येसाठी स्वीकारलेले एक व्रत आहे, अशी भावना निर्माण होत असे. 

१९१० नंतर या संस्थेच्या वातावरणात आणखी एक महत्त्वाचा बदल घडून आला. ब्रिटिश सरकारने तळेगाव-दाभाडे येथील राष्ट्रवादी ‘समर्थ विद्यालय’ बंद केल्यानंतर तेथील काही विद्वान शिक्षक प्राज्ञपाठशाळेत आले. त्यांच्या सहवासामुळे विद्यार्थ्यांमध्ये राष्ट्रप्रेम आणि सामाजिक जाणीव अधिक दृढ झाली. लोकमान्य टिळकांचे ‘केसरी’ वाचणे, समकालीन घडामोडींवर चर्चा करणे आणि ‘मॉक पार्लमेंट’च्या माध्यमातून वादविवाद घडवून आणणे, हेही पाठशाळेच्या संस्कारांचा भाग बनले.

अशा या शिस्तबद्ध, राष्ट्राभिमानी आणि वैचारिक स्वातंत्र्याची जोपासना करणाऱ्या ज्ञानमंदिरात फेब्रुवारी १९१४ मध्ये लक्ष्मण दाखल झाला. त्याच्या आयुष्याच्या जडणघडणीतील हा एक निर्णायक टप्पा ठरला.

वाईला आल्यानंतर सुरुवातीच्या काळात लक्ष्मणला संस्कृत शिकताना अनेक अडचणी आल्या. व्याकरण आणि सूत्रांचा अर्थ सहज उमजत नसल्यामुळे तो निराश झाला. त्याची मानसिक घालमेल केवलानंदांच्या नजरेतून सुटली नाही. त्यांनी स्वतः लक्ष्मणला शिकवण्याची जबाबदारी घेतली. कठीण व्याकरणाने सुरुवात करण्याऐवजी त्यांनी महाकवी कालिदास, बाणभट्ट यांसारख्या अभिजात साहित्यिकांचे रसाळ आणि सुबोध साहित्य शिकवले. त्यामुळे लक्ष्मणच्या मनात संस्कृत भाषेबद्दल गोडी निर्माण झाली.  

केवलानंदांच्या संवेदनशील शिक्षणपद्धतीचा परिणाम लवकरच दिसू लागला. लक्ष्मणची संस्कृतमधील प्रगती झपाट्याने होऊ लागली. त्याची बुद्धिमत्ता आणि ज्ञानग्रहणाची क्षमता ओळखून केवलानंदांनी अवघ्या वर्षभरातच त्याचा न्याय-वैशेषिक आणि षड्दर्शनाचा अभ्यास सुरू केला. त्यानंतर तर्कसंग्रह, न्यायपंचानन यांसारख्या   क्लिष्ट आणि गहन ग्रंथांचे अध्ययनही त्यांनी लक्ष्मणकडून करून घेतले. अल्पावधीतच संस्कृत साहित्याबरोबरच विविध शास्त्रांवरही लक्ष्मणची भक्कम पकड बसली.

प्राज्ञपाठशाळेतील अध्यापन केवळ पाठांतरापुरते मर्यादित नव्हते. प्रत्येक विषयावर सखोल चर्चा आणि वादविवाद घडवून आणले जात. प्रतिपक्षाचे म्हणणे समजून घेणे, त्यातील ताकद आणि मर्यादा तपासणे, तसेच त्याचे तर्कशुद्ध खंडन करणे यातून बौद्धिक मंथन होत असे. त्यामुळे विद्यार्थ्याला विषय खऱ्या अर्थाने आत्मसात झाला आहे की नाही, हे गुरुजींना सहज समजत असे. या कठोर पण विचारप्रधान शिक्षणपद्धतीमुळे लक्ष्मणची विविध शास्त्रातील वैचारिक बैठक भक्कम झाली.

या काळात लक्ष्मणची दिनचर्या अत्यंत शिस्तबद्ध आणि कष्टमय होती. पहाटे पाच वाजता उठणे, त्यानंतर मठाशेजारून वाहणाऱ्या कृष्णेत  स्नान करून नित्यकर्म आटोपणे, राहण्याची जागा आणि संपूर्ण परिसर स्वतः झाडून स्वच्छ करणे आणि नंतर वाईतील घरांमध्ये जाऊन 'माधुकरी' मागूनच आपली भोजनाची सोय करणे हा लक्ष्मणचा दिनक्रम होता. त्या काळी वाईतील अनेक धार्मिक ब्राह्मण कुटुंबे गरजू विद्यार्थ्यांना माधुकरी देणे हे पुण्यकर्म मानत असत. लक्ष्मण दररोज दुपारी स्वच्छ पंचा नेसून, हातात ताट-वाटी घेऊन वाईतील पाच-सहा घरांसमोर उभा राही आणि नम्रपणे, "ॐ भवति भिक्षां देहि" अशी विनंती करे. प्रतिष्ठित आणि स्वाभिमानी वातावरणात वाढलेल्या लक्ष्मणच्या कोवळ्या मनाला हा अनुभव सुरुवातीला वेदनादायक वाटला. भिक्षा मागणे त्याच्या स्वाभिमानाला टोचत असे. परंतु लवकरच त्याला उमगले की, माधुकरी ही अन्नासाठी मागितलेली भिक्षा नसून विद्येच्या साधनेसाठी स्वीकारलेले एक पवित्र व्रत आहे.

इंग्रजीचे महत्त्व ओळखून केवलानंदांनी स्वतः ती भाषा शिकण्याचे अनेकदा प्रयत्न केले. मात्र पाठशाळेचे संचालन आणि अध्यापनाच्या व्यापामुळे त्यांना त्यासाठी पुरेसा वेळ मिळाला नाही. तरीही पाश्चात्त्य विचारवंतांचे मराठीत उपलब्ध झालेले ग्रंथ त्यांनी आवर्जून वाचले आणि त्यांतील विचार आत्मसात केले.

या व्यापक आणि उदार दृष्टिकोनाचा परिणाम प्राज्ञपाठशाळेच्या वातावरणावर स्पष्टपणे दिसून येत असे. विद्यार्थ्यांच्या मनात राष्ट्रीयतेची भावना, समाजसुधारणेची प्रेरणा आणि स्वतंत्र विचार करण्याची वृत्ती तेथे जोपासली जात होती. वैचारिक स्वातंत्र्याला प्रोत्साहन देणाऱ्या आणि रूढीवादाला धैर्याने प्रश्न विचारणाऱ्या या वातावरणात लक्ष्मणचे व्यक्तिमत्त्व घडत गेले. त्यामुळे तो केवळ पारंपरिक पंडित न राहता बहुश्रुत आणि प्रगल्भ विचारवंत बनला.

लक्ष्मण सतरा वर्षांचा असताना त्याच्या आयुष्यात एक महत्त्वाचा योग आला. शंकराचार्यांच्या भाष्याचा आणि वेदांताचा सखोल अभ्यास करण्यासाठी विनोबा भावे वाईला आले. प्राज्ञपाठशाळेत लक्ष्मण आणि विनोबा यांची राहण्याची व्यवस्था एकाच खोलीत करण्यात आली. विनोबांची कुशाग्र बुद्धिमत्ता, अभ्यासाची तळमळ आणि तपस्वी जीवनशैली यांचा लक्ष्मणवर खोल प्रभाव पडला.

विनोबांनी त्याला इंग्रजी भाषा शिकवली. इतकेच नव्हे, तर त्या भाषेतील वैचारिक साहित्याचीही ओळख करून दिली. त्यांच्या सहवासामुळे लक्ष्मणचे इंग्रजीवरील प्रभुत्व वाढले. त्याने जॉन स्ट्युअर्ट मिल, हर्बर्ट स्पेन्सर आणि लिओ टॉल्स्टॉय यांसारख्या विचारवंतांचे ग्रंथ आवडीने वाचले. ललित साहित्यापेक्षा गंभीर वैचारिक लेखनाकडे त्याचा कल अधिक होता.

सुमारे वर्षभरानंतर विनोबा अभ्यास पूर्ण करून बडोद्याला परत गेले. पण लक्ष्मणची ज्ञानाची तहान अजून भागलेली नव्हती. विनोबांच्या सहवासात आणखी काही काळ राहण्याची त्याची तीव्र इच्छा होती. गुरु केवलानंदांकडे परवानगी मागण्याचे धाडस त्याला झाले नाही. अखेर एका रात्री कोणालाही न सांगता त्याने वाई सोडले आणि गुपचूप बडोद्याचा मार्ग धरला. तेथे कोणी ओळखू नये म्हणून त्याने  पाठशाळेतील परंपरेनुसार वाढवलेले लांब केस आणि शेंडीही कापून टाकली.

पुढील सुमारे सहा महिने तो विनोबांच्या मार्गदर्शनाखाली राहिला. एके दिवशी विनोबांनी त्याला सांगितले, 

"लक्ष्मण, तू आता चांगला शिकला आहेस. आता साबरमतीला महात्मा गांधींच्या आश्रमात जा. तिथे तुझ्यासारख्या विद्वान आणि राष्ट्रप्रेमी तरुणांची गरज आहे." 

विनोबांना आपल्याला गांधीजींच्या कार्यात कायमचे सहभागी करून घ्यायचे आहे, हे त्याने ओळखले. परंतु लक्ष्मणचा ओढा ज्ञानसाधनेकडे अधिक होता. ज्या प्रकारे तो गुपचूप वाई सोडून बडोद्याला आला होता, त्याच प्रकारे एका रात्री त्याने बडोदाही सोडले आणि तो पुन्हा वाईला परतला. प्राज्ञपाठशाळेत पोहोचताच त्याने पश्चात्तापाने गुरु केवलानंदांच्या चरणी मस्तक ठेवून क्षमा मागितली. गुरुजींनीही मोठ्या मनाने आपल्या या लाडक्या शिष्याला क्षमा केली. गुरुजींच्या संमतीने लक्ष्मण आता पाठशाळेतील लहान विद्यार्थ्यांना विविध शास्त्रांचे अध्यापन देखील करू लागला.

वाईतील या दुसऱ्या वास्तव्यात लक्ष्मणच्या ज्ञानविश्वाला आणखी व्यापक आयाम लाभले. त्याने विष्णुशास्त्री चिपळूणकरांची निबंधमाला, गोपाळ गणेश आगरकरांचे सुधारणावादी लेखन, शिवराम महादेव परांजपे यांचे प्रक्षोभक निबंध आणि क्रांतिसूर्य महात्मा ज्योतीराव फुले यांचे सत्यशोधक साहित्य यांचा सखोल अभ्यास केला. त्याचबरोबर धर्म, समाज आणि परंपरा या विषयांवर गुरु केवलानंदांशी त्यांचे अखंड चिंतन, चर्चा आणि वादविवाद सुरूच होते.

या विपुल वाचनाने आणि बौद्धिक मंथनाने लक्ष्मणच्या विचारांत मोठे परिवर्तन घडले. वर्षानुवर्षे चालत आलेल्या अनेक निरर्थक धार्मिक समजुती आणि पोकळ कर्मकांडांविषयी त्याच्या मनात प्रश्न निर्माण झाले. जन्मावरून ठरणारी जातिव्यवस्था ही समाजाच्या प्रगतीतील सर्वात मोठा अडथळा आहे, याची त्याला खात्री पटली. जुनाट आणि शोषक रूढी-परंपरांवरील त्याचा विश्वास ढळू लागला आणि त्यांच्या जागी आधुनिक विचारांची पायाभरणी झाली.

लक्ष्मणची ही वाढती ज्ञानतृष्णा आणि त्याच्या विचारांत घडणारे परिवर्तन केवलानंदांच्या नजरेतून सुटले नाही. पुढील अभ्यासासाठी लक्ष्मणने काशीला जावे अशी त्यांची इच्छा होती. त्या काळी न्याय, वेदांत, मीमांसा अशा अनेक विषयांतील नामवंत महापंडित काशीत वास्तव्यास होते. त्यांनी आपापल्या स्वतंत्र पाठशाळा स्थापन केल्या होत्या. या विद्वानांना आपापल्या विषयांत देशभर मान्यता होती.

गुरूच्या इच्छेला मान देत त्यांचा आशीर्वाद घेऊन, अवघ्या अठराव्या वर्षी लक्ष्मण काशीकडे रवाना झाला. काशीला पोहोचल्यावर लक्ष्मण बिंदुमाधव घाटावरील योगानंदांच्या मठात राहू लागला. पुढील तीन वर्षे त्याने   प्रतिकूल परिस्थितीत राहून ज्ञानसाधना केली. वामाचरण भट्टाचार्य, राजेश्वरशास्त्री आणि पंचानन तर्करत्न भट्टाचार्य यांसारख्या काशीतील नामवंत पंडितांकडे त्याने आलटून-पालटून न्याय आणि नव्यन्याय या शास्त्रांचा सखोल अभ्यास केला. 

मात्र काशीतील वास्तव्यात लक्ष्मणला एका जीवघेण्या संकटालाही सामोरे जावे लागले. १९१८ च्या सुमारास संपूर्ण भारतात इन्फ्लुएन्झाची भीषण साथ पसरली होती. लक्ष्मणही तिच्या विळख्यात सापडला. तापाने तो इतका अशक्त झाला की पाणी पिण्यासाठी उठण्याचेही बळ त्याच्या अंगात उरले नाही. मठात तो एकटाच राहत असल्याने सलग दोन-तीन दिवस अन्न-पाण्याविना तो त्या अवस्थेत पडून राहिला.

मठाच्या खिडकीतून गंगेच्या पलीकडील दुर्गाघाट स्पष्ट दिसत असे. साथीने मृत्यू पावलेल्या शेकडो लोकांच्या चिता तेथे अखंड धगधगत होत्या. मृतदेहांचा ओघ सतत सुरू होता. आजूबाजूला मृत्यूचे हे भयावह चित्र दिसत असताना लक्ष्मण असहाय अवस्थेत मृत्यूशी झुंज देत पडला होता.

अशातच एका सकाळी बिंदुमाधव मंदिरातील पूजा आटोपून घरी परतणाऱ्या एका सुविद्य महिलेच्या कानावर त्याच्या कण्हण्याचा क्षीण आवाज पडला. त्यांनी मठात डोकावून पाहिले तर लक्ष्मण विव्हळत  असल्याचे त्यांच्या लक्षात आले. त्या मठाचे व्यवस्थापक वैशंपायन यांच्या पत्नी होत्या. त्यांनी प्रेमाने विचारले, 

"बाळा, काही मदत हवी आहे का?"

लक्ष्मणने क्षीण आवाजात हात जोडून उत्तर दिले, 

"माते, मला मारवाडी हॉस्पिटलमध्ये नेण्यासाठी डोलीची व्यवस्था करून दिलीत तर फार उपकार होतील." 

त्या माऊलीने क्षणाचाही विलंब न लावता डोलीची व्यवस्था केली आणि त्याला तातडीने मारवाडी हॉस्पिटलमध्ये दाखल केले. हे रुग्णालय गरीब आणि निराधार रुग्णांवर विनामूल्य उपचार करत असे.

रुग्णालयाबाहेर रुग्णांच्या लांबच लांब रांगा लागलेल्या होत्या. मुख्य वैद्य स्वतः बाहेर येऊन प्रत्येकाची तपासणी करत आणि ज्यांच्या जगण्याची आशा अत्यल्प होती, त्यांना वेदनाशामक औषधे देऊन परत पाठवत. मात्र लक्ष्मणची तपासणी करताना त्यांच्या डोळ्यांतली जगण्याची जिद्द डॉक्टरांच्या नजरेत भरली. त्यांनी तत्काळ त्याला आत दाखल करून उपचार सुरू केले. औषधोपचारांचा परिणाम चांगला झाला आणि आठ दिवसांत तो पुन्हा पायावर उभा राहू शकला. आणखी आठ दिवस विश्रांती घेतल्यानंतर त्याला मठात परतण्याची परवानगी मिळाली. मृत्यूच्या दारातून परत आलेल्या या अनुभवाने त्याची जिद्द अधिकच दृढ झाली आणि त्याने नव्या उमेदीने ज्ञानसाधनेला पुन्हा सुरुवात केली.

न्यायशास्त्र आणि नव्यन्याय या विषयांचा सखोल अभ्यास लक्ष्मणने  गंगातीरावरच्या नामवंत पंडितांच्या सान्निध्यात पूर्ण केला. त्यानंतर १९२२ मध्ये कलकत्ता येथील शासकीय संस्कृत विद्यालयाची परीक्षा उत्तीर्ण होऊन त्याने अत्यंत मानाची 'तर्कतीर्थ' ही पदवी संपादन केली. या यशामुळे देशभरातील संस्कृत पंडितांमध्ये त्याचे नाव आदराने घेतले जाऊ लागले.

लक्ष्मण आता तर्कतीर्थ लक्ष्मणशास्त्री जोशी या नावाने ओळखला जाऊ लागला. लोक त्याला आता ‘शास्त्रीजी’ असे आदराने संबोधू लागले. 

ज्ञानसाधनेचा हा दीर्घ प्रवास पूर्ण करून तर्कतीर्थ लक्ष्मणशास्त्री जोशी आपल्या मूळ ज्ञानभूमी; वाई येथील प्राज्ञपाठशाळेत अध्यापनासाठी परतले. आता ते विद्यार्थी म्हणून नव्हे, तर गुरु म्हणून त्या संस्थेत प्रवेश करत होते. याच ठिकाणाहून त्यांच्या आयुष्यातील एका नव्या पर्वाची  खरी सुरुवात झाली.